全国棉花交易市场由中国政府于1998年决定设立，是不以营利为目的的服务组织。中心市场设在北京，在22个棉花主产区和主销区设立常年交易工作站，作为全国棉花交易市场的分支机构。
全国棉花交易市场实行会员制和交易商制。在中华人民共和国境内登记注册、具有独立法人资格的棉花经营企业、纺织企业、棉花进出口企业以及其他具有棉花相关业务背景的企业，均可申请成为交易市场交易商。截至2010年3月，交易市场交易商逾2200家。
1999年10月全国棉花交易市场开始试运行，1999年12月以来，交易市场接受国家有关部门委托，通过竞卖交易方式累计采购和抛售国家政策性棉花近1000万吨，成交金额1000多亿元。国家政策性棉花通过交易市场公开抛售，开创了我国储备物资由计划分配转向利用市场机制配置资源的先河。
全国棉花交易市场新疆事办处
为积极支持新疆棉花产业发展、推进现代棉花交易方式而在新疆设立的办事机构。新疆棉电子撮合交易和网上超市业务——帮助交易商实现预期利润和规避市场风险。买方仓单质押业务是指买方交易商将通过交易市场购买或协议转让购买的商品棉，以协议形式转让给交易市场，交易市场将这部分商品棉质押给银行以获得一定数额的资金，从而帮助买方交易商结清应付卖方的全部货款。
全国棉花交易市场运城办事处
是交易市场为积极支持晋、陕、甘西北片区棉花产业发展、推进现代棉花交易方式而在山西运城设立的办事机构。办事处主要职能业务是：统一管理、协调交易市场在晋、陕、甘西北片区及周边地区的棉花业务，为交易商就近提供“一站式”服务;协助交易市场有关部门做好服务区域内的业务策划宣传、开发交易商、仓单质押业务、交割(监管)仓库管理等;负责服务区域内涉棉企业商品棉电子撮合交易及网上超市交易业务指导。
全国棉花交易市场天津分市场
05年1月18日，全国棉花交易市场天津分市场在保税区成立。全国棉花交易市场天津分市场是全国棉花交易市场与天津棉花交易市场共同合作，利用保税区的区位、政策和功能优势，将全国棉花交易市场商品棉电子撮合交易的交易模式与天津棉花交易市场对进口棉通关、商检、换汇、现货销售的服务模式有机结合，实现优势互补，将进一步扩大天津棉花交易市场的进口棉代理业务规模，对加快本市现代服务业的发展，建设国际物流中心有积极的促进作用。
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